恩施州农科院现进入湖北省农业科技创新体系，承担鄂西综合试验站的建设任务；跻身于国家科研创新领域，承担国家马铃薯产业技术体系科学家岗位、国家玉米产业技术体系鄂西试验站、国家茶叶产业技术体系恩施试验站、国家水稻产业技术体系恩施试验站和华中薯类作物观测实验站、农作物病鉴站的创新任务。承担着国家、省、州下达的多个学科的科技攻关任务，科研涵盖特色科研和传统科研等20多个领域。其中马铃薯、魔芋、水稻抗病育种、天然产物提取研究在全国处于先进水平，玉米、茶叶、硒、植保研究在西南山区处于先进水平，小麦、组培、果蔬研究在湖北省处于先进水平，其他领域的研究处于本区域先进水平。